来自异次元的种族MU占领了东京，并将城市隐藏在巨大的防护壁之后，他们欺骗在东京生活的人们他们已经成为世界上仅存的人类。在防护壁之外，名为“TERRA”的反MU组织声势渐渐壮大。某司空菊雅顿时哑口，事实上她之所以选择迷阵而不是杀阵来作为深山堡垒的守卫阵法，顾忌杀孽也是一个很重要的原因，所有因迷阵死亡而造成的杀孽，可是有很大一部分都会归结到她身上的，所以阵法这东西也是不能随便设置的，如今的“颠倒五行迷天大阵”只是将迷乱与幻象的特征发挥到了极至，并不具备杀伤力，进入的人会迷失方向困于其中，然后被风之部落所俘虏，成为在矿山等地方工作的劳工，真要将他们都困死在阵内，她司空菊雅可承受不起。日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。
在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。
